Kantor Kementerian Agama Kabupaten Jeneponto atau yang dulu disebut dengan Kantor Departemen Agama Jeneponto dibentuk berdasarkan KMA nomor 30 tahun 2000 tentang pembentukan Kantor Departemen Agama Kota Dumai, Metro, Cilegon, Depok, Banjarbaru, Kabupaten Aceh Singkil, Mandailing Natal, Toba Samosir, Jeneponto, Way Kanan, Bengkayang dan Luwu Utara. Diresmikan pada tanggal 5 agustus 2000 oleh Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Lampung sekaligus melantik Drs. Moh. Santoso Yusuf sebagai Kepala kandepag Jeneponto berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI nomor WH/1.b/Kp.07.6/20/2000 tanggal 19 juni 2000.